Tsubasa Chronicle hat insgesamt 52 Folgen verteilt auf 3 Staffeln.
Der jugendliche Hobby-Archäologe Shaoran ist mit den Ausgrabungen der von Wüstensand verschütteten Ruinen beschäftigt, die vor dem Königreich Clow Country liegen. In diesem Königreich lebt auch die Prinzessin Sakura, in die Shaoran verliebt ist. Sakura, die Schwester von König Toya, erwidert Shaorans Gefühle und will sie ihm gestehen, doch bevor es dazu kommt, öffnet sich in den Ruinen eine Kammer! Sakura wird dort in ein mystisches Siegel gezogen und ihr wachsen plötzlich zwei Flügel aus dem Rücken. Shaoran kommt ihr zu Hilfe und kann sie auch befreien, doch als er sie im Arm hält, zerbrechen ihre Flügel und verschwinden im Nirgendwo. Shaoran trägt seine Geliebte, die nun bewusstlos ist, aus den Ruinen nach draußen, wo er auf König Toya und sein Magier Yukito trifft, die gegen Krieger kämpfen, die aus dem Nichts aufgetaucht sind. Yukito liest Shaorans Gedächtnis und erkennt sofort, was passiert ist: Sakuras Flügel verkörperten ihre Erinnerungen und Seele, die nun als Federn in anderen Welten verstreut sind. Ohne lange zu warten, schickt Yukito Sakura und Shaoran zu der Dimensionshexe, die ihnen helfen soll Sakuras Federn zurückzuholen.
